Унікальність естонської податкової системи полягає у відсутності податку на прибуток, формально він все ж таки є, але складає 0%, але дана ставка використовується лише для нерозподіленого прибутку, тобто у випадку реінвестування його в бізнес.​

Серед важливих переваг є ще одна цікава – за умови прийняття рішення про не розподілення засновникам дивідендів, законодавство Естонії надає право не вносити реальний статутний капітал, лише задекларувати його при реєстрації. Тобто не потрібно вносити мінімальну суму в розмірі 2500 євро (а для акціонерних товариств це 25000 євро) на розрахунковий рахунок компанії.

В Естонії немає обов’язкової умови нараховувати заробітну плату члену правління (директору) компанії, та відповідно, немає вимог до її мінімального розміру. Також  відсутність податків на заробітну плату для тих нерезидентів, які не працюють на території Естонії. Це гарна можливість для бізнесу, співробітники якого можуть виконувати роботу на відстані.

Податком на додану вартість за ставкою 20%, обкладається продаж товарів та надання послуг на території Естонії, а також імпорт в Естонію товарів та послуг. Реєстрація в якості платника податку з обороту здійснюється при досягненні порогу  в 16000 євро річного обороту.  ​В деяких випадках ставка податку з обороту становить 9% (книги, ліки, квитки на концерти) чи 0% (експорт товарів та послуг з Естонії). Якщо підприємець надає послуги чи продає товари за межами Естонії, на митній території чи на території ЄС  дані господарські операції не підлягають оподаткуванню.